XFEL: Open Science COVID19-Analyseplattform online

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15.06.2020
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Open Science COVID19-Analyseplattform online

Die Plattform erzeugt Grafiken der COVID-19 Fallentwicklung, um den Verlauf der Pandemie über verschiedene Zeitrahmen und geografische Skalen besser zu verstehen.

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SARS-CoV-2 Aufnahme mit einem Transmissionselektronenmikroskop. Probe von einem Patienten in den USA. Bild: National Institute of Allergies and Infectious Diseases (www.flickr.com/photos/niaid)

Im Rahmen des von der EU finanzierten Projekts PaNOSC hat ein internationales Netzwerk von Datenwissenschaftlerninnen und Datenwissenschaftlern die Plattform Open Science COVID Analysis (OSCOVIDA) entwickelt, um die Verbreitung und Entwicklung von COVID19 -Fällen weltweit zu analysieren. Die Plattform bietet Grafiken von COVID19-Fällen, um die Entwicklung der Pandemie über verschiedene Zeitrahmen und geografische Skalen besser zu verstehen. Die Daten werden aus einer Reihe von renommierten Quellen zusammengetragen. Aus einigen Regionen sind auch Daten in höherer Auflösung verfügbar, wie zum Beispiel für 412 Landkreise in Deutschland und die einzelnen Bundesstaaten in den USA.

“Als Gesellschaft müssen wir abwägen zwischen den negativen Effekten von epidemiologischen Interventionsmaßnahmen wie Social Distancing auf der einen Seite und COVID19 Neuinfektionen und Todesfällen auf der anderen Seite. Ohne einen Impfstoff gegen COVID19 ist es möglich, dass dieses Vergleichen und Abwägen noch viele Jahre so fortgeführt werden muss", sagt Prof. Hans Fangohr, Leiter der Datenanalysegruppe am European XFEL, der die OSCOVIDA-Initiative leitet. "Wir wollen den COVID19 Fallzahlen, die in den Nachrichten erwähnt werden, mehr Kontext geben: Zum Beispiel wie verhält sich die Zahl der neuen Fälle zu denen der Wochen davor, und wie verteilt sich das auf geographische Regionen? OSCOVIDA stellt ein Instrument zur Verfügung, mit dessen Hilfe die Wirksamkeit von Eindämmungsmaßnahmen bewertet werden kann und das dazu beitragen kann, den Umfang und die Dynamik neuer und stärker lokalisierter COVID19 -Ausbrüche zu verstehen. Wir wollen es der interessierten Öffentlichkeit ermöglichen, die Daten auf einem Niveau zu sehen und zu kontextualisieren, das mit den Berichten in den Medien schwer erreichbar ist".

Neben der Ansicht vorgefertigter Zeitreihenanalysen von Infektionen und Todesfällen können Bürgerinnen und Bürger sowie Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler den Code, der die Grafiken erzeugt, erneut ausführen und die Analyse interaktiv über ihren Webbrowser modifizieren. Mit etwas technischem Know-how kann der Code wiederverwendet werden, um neue Werkzeuge für andere Zwecke zu erstellen. Die Website verwendet Technologien wie das Projekt Jupyter, das im Rahmen des PaNOSC-Projekts für die Analyse von Photonen- und Neutronendaten genutzt wird und hier im Zusammenhang mit der COVID-19-Pandemie zum Einsatz kommt. Die Datensätze werden täglich aktualisiert.

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Beispiel einer Grafik von der Plattform OSCOVIDA, die tägliche Fälle zwischen Februar und Mai 2020 in Italien zeigt. Bild: PaNOSC

"Die Plattform basiert auf den gleichen Open-Source-Software-Werkzeugen, die von PaNOSC für die Forschung mit Photonen und Neutronen verwendet und bereitgestellt werden. Alle Software und Daten sind online verfügbar und zugänglich", sagt Andy Götz, Leiter des PaNOSC-Projekts. "Dieses Citizen-Science-Projekt ist ein Beispiel für das Potential von Open-Source-Software: Die Ergebnisse sind völlig transparent, und jeder Interessierte kann sie studieren, überprüfen, wiederverwenden und erweitern. Dies sind Schlüsselmerkmale der offenen Wissenschaft, die uns helfen, die wissenschaftliche Forschung für die Gesellschaft effektiver zu gestalten.“

Die OSCOVIDA Plattform finden Sie hier: http://oscovida.github.io

Weitere Information:
Die PaNOSC Website: https://www.panosc.eu

PaNOSC Pressemitteilung zu OSCOVIDA: https://www.panosc.eu/news/panosc-open-science-covid-analysis-platform/