Nicht nur dass unzähligen Elektronen ihren Flug durch die European-XFEL-Anlage auf dem DESY-Gelände in Hamburg-Bahrenfeld starten, bei DESY wurde auch die Idee der Röntgenlaseranlage geboren und auf den Weg gebracht. Hier wurden die ersten Pläne für den European XFEL entwickelt und hat das Planfeststellungsverfahren für das Großprojekt initiiert.
DESY hat zusammen mit internationalen Partnern den 1,7 Kilometer langen supraleitenden Beschleuniger mit der Elektronenquelle gebaut und betreibt diesen nun im Auftrag der European XFEL GmbH.
Als internationales Projekt wird der European XFEL von einer eigenständigen Forschungsorganisation betrieben, der European XFEL GmbH. In dieser Organisation ist DESY neben anderen Partnern mit einem Anteil von über 50 Prozent als Gesellschafter beteiligt.