Mit Bau und Betrieb des European XFEL ist eine gemeinnützige Gesellschaft mit beschränkter Haftung, die European X-Ray Free-Electron Laser Facility GmbH (European XFEL GmbH), beauftragt.
Die European XFEL GmbH dient ausschließlich gemeinnützigen Zwecken im Bereich der Forschung und Wissenschaft, sie entspricht also einer mit öffentlichen Mitteln finanzierten Forschungseinrichtung.
Die European XFEL GmbH ist im besonderen zuständig für
- die Koordination und Überwachung der Bautätigkeiten,
- wissenschaftliche Richtlinien und Strategie,
- Aufbau von fünf Lichtquellen und zehn Experimentierstationen sowie der zugehörigen Infrastruktur,
- Betrieb der Lichtquellen und Einrichtung eines Nutzerprogramms,
- weitere Entwicklung der Anlage auf Grundlage eines ausgeprägten Forschungs- und Entwicklungsprogramms,
- sowie: Verwaltung, Überwachung und Kontrolle aller Ressourcen, die Gesellschafter zur Verfügung stellen.
Die European XFEL GmbH ist in Gruppen strukturiert, die dem Management Board unterstellt sind. Oberstes Gremium ist das Council, die Gesellschafterversammlung. Die Arbeit der European XFEL GmbH wird von verschiedenen beratenden Gremien unterstützt.